時間進入21世紀，中國警方經過縝密偵察，獲取制毒販毒集團在大陸開辟的黃金通道　　《刑警本色2》劇照——云南經廣州、深圳至虹港。在內線偵察員銀狐和火狐的配合下，展開了立體打擊行動，進行全方位清剿，徹底摧毀了販毒網絡。但販毒集團頭目九子龍詭計多端，并沒有在毒品交易中露面，警方決定繼續開展行動，將此販毒集團徹底鏟除。銀狐潛入販毒集團內部，以求獲取更多情報，但銀狐的身份被識破，被阿昆殘忍殺害，為繼續保持與販毒集團的內線接觸，警方命令在虹港的另一名偵察員火狐開始行動。親眼見到戰友慘死的火狐(文武)火狐決心報仇，親手抓住九子龍。九子龍集團在遭受重大打擊后，將毒品交易的跳板城市由虹港改為大陸沿海城市龍海，同時，集團中的得力干將曹東方也刑滿出獄，九子龍希望曹東方承擔在大陸進行毒品交易的工作，曹東方卻陰奉陽違，表面上對九子龍謙卑恭敬，卻暗中謀劃，打算取而代之。龍海緝毒大隊大隊長王小波從線人口中得知一筆大交易的情報，立刻組織行動，但當警察沖入珍珠島度假村時，發現毒販麻三以及幾名收貨者都被人用藥迷暈，當場只繳獲大量毒品，而將近千萬美元的毒資不翼而飛。王小波對度假村的內部人員進行了詳細調查，發現度假村餐飲部經理劉亮有重大嫌疑，而劉亮現在已經不知去向。劉亮在曹東方的指使下來到虹港，與銀通公司的文武進行接觸，希望能通過文武進行洗錢活動。而與此同時，九子龍因交易失敗也懷疑到了劉亮，派阿昆和曹東方一起去虹港追回毒資并除掉劉亮，阿昆帶人到了虹港，開始跟蹤劉亮，文武發現之后，將劉亮安排到一處安全之地，阿昆等人的行動失敗。