明朝熹宗年間，宦官魏忠賢圖謀不軌，東林黨人顧憲成等豪俠之士，欲以“羊皮密卷”上呈熹宗，事未成，諸忠良遭魏殺害，唯顧憲成小女小云攜“羊皮密卷”水遁逃去，投奔錢員外以求暫且棲身。錢員外貪功圖利，欲向東廠報告，被幼女玲玲、幼子小胖發現后，告之小云。幸有一神秘道士“不知道人”飛身將小云救走，并竊走落入錢員外手中的“羊皮密卷”，將小云安置在一破廟中…明朝熹宗年間，宦官魏忠賢圖謀不軌，東林黨人顧憲成等豪俠之士，欲以“羊皮密卷”上呈熹宗，事未成，諸忠良遭魏殺害，唯顧憲成小女小云攜“羊皮密卷”水遁逃去，投奔錢員外以求暫且棲身。錢員外貪功圖利，欲向東廠報告，被幼女玲玲、幼子小胖發現后，告之小云。幸有一神秘道士“不知道人”飛身將小云救走，并竊走落入錢員外手中的“羊皮密卷”，將小云安置在一破廟中。小云和石頭結識了頑童小豆子和鼻涕蟲，在他們走投無路之際投奔少林寺，途中遇見另一忠良遺孤高天鵬。少林寺念及孩子們的處境，破例收他們為弟子，交青草大師引領。得到消息后，魏忠賢下令圍剿少林寺。青草大師、至善護送孩子們離寺躲避。方丈被捕當作人質。為救方丈，道士、笑癡僧及師妹青青、苗苗趕來助戰。道士戰死，小云亦身中毒箭落井而亡。臨終前，小云將“羊皮密卷”托交至善。笑癡僧掩護至善、青青、苗苗突圍。武惠師叔率至善等來到干佛崖古穴絕地，利用歷代少林寺祖師遺留穴中之玄機，將追來的魏忠賢的手下先后除去。心明大師用盡丹田修練的真元之氣，全力一擊，將魏忠賢的童子功破除，自己因元氣大損而亡。