日本軍隊進入淪陷的南京城，奉命掩埋中國死難士兵和戰俘尸體。與此同時，市中心的圣馬德倫教堂中迎來了一群不速之客，十來個女學生和秦淮河女子，她們殊途同歸只為同一件事――逃難。緊接著許多男人也因為各種原因進入了教堂。圍墻外的日軍尋找各種借口進入教堂，圣馬德倫教堂的后院成為他們填埋尸體掩蓋罪證的目標，國際安全區的組織者嘗試各種解救教堂被困人員的方案，卻屢屢失敗。教堂中的男人們為了保護藏在教堂閣樓和地窖中的女人，獻出了自己的生命，女人們或者選擇了有尊嚴地死去，或者進行了最壯烈的抵抗。在這四十九個日夜里，他們和他們，在一次次地求生、抵抗、毀滅和復活中締結了愛情、親情和友情，曾懦弱地變成了勇士、曾迷失的找到了方向、曾虛無的得到了收獲、曾有罪的完成了救贖。
