流傳千年的媽祖文化風(fēng)俗習(xí)慣在本劇中得到了大量的展示。福建湄洲島是其發(fā)源地，媽祖文化的內(nèi)核有熱愛祖國、熱愛和平、除暴安良、見義勇為、助人為樂、無私無畏、甘于奉獻(xiàn)等，在華人中得到了廣為流傳，單是臺(tái)灣地區(qū)大小媽祖廟800多座。　《湄洲島奇緣》講述的是臺(tái)灣光復(fù)后的一九四六年，在海南某碼頭，當(dāng)年被日軍擄到海南做苦力的臺(tái)灣勞工林志雄帶著身懷六甲的妻子阿清終于登上了臺(tái)灣“安祥號”輪船返鄉(xiāng)。天有不測風(fēng)云，“安祥號”在返鄉(xiāng)途中失去動(dòng)力，老天爺拋棄了這條滿載勞工的舊船。禍不單行，屋漏又逢連陰雨，阿清就要生產(chǎn)了。阿清終于生下了林海安、林海祥一對可愛的雙胞胎。分離在即，林志雄夫婦把親生兒子林海祥留在了湄洲島上。帶著難舍的情緣，離開了湄洲返回臺(tái)灣。從此數(shù)十年，隔海想望，兩地相思。五十多年后，隨臺(tái)灣媽祖信徒進(jìn)香團(tuán)到湄洲島媽祖祖廟進(jìn)香攝影，尋親的林永吉（林海安之子）失足落水被湄洲姑娘楊秀湄所救。在時(shí)間飛馳的日子里，永吉秀湄他們默默地相愛了。老天造化弄人，永吉的母親無意中發(fā)現(xiàn)秀湄是永吉的堂妹，為怕日后悲劇發(fā)生，于是斷然阻止孩子們之間的繼續(xù)交往。痛苦欲絕的秀湄，心冷徹骨的永吉。“山窮水復(fù)疑無路，柳暗花明又一村。”秀湄的父親講述了一個(gè)藏在內(nèi)心深處離奇而又讓人心動(dòng)的往事。