流傳千年的媽祖文化風俗習慣在本劇中得到了大量的展示。福建湄洲島是其發源地，媽祖文化的內核有熱愛祖國、熱愛和平、除暴安良、見義勇為、助人為樂、無私無畏、甘于奉獻等，在華人中得到了廣為流傳，單是臺灣地區大小媽祖廟800多座。　《湄洲島奇緣》講述的是臺灣光復后的一九四六年，在海南某碼頭，當年被日軍擄到海南做苦力的臺灣勞工林志雄帶著身懷六甲的妻子阿清終于登上了臺灣“安祥號”輪船返鄉。天有不測風云，“安祥號”在返鄉途中失去動力，老天爺拋棄了這條滿載勞工的舊船。禍不單行，屋漏又逢連陰雨，阿清就要生產了。阿清終于生下了林海安、林海祥一對可愛的雙胞胎。分離在即，林志雄夫婦把親生兒子林海祥留在了湄洲島上。帶著難舍的情緣，離開了湄洲返回臺灣。從此數十年，隔海想望，兩地相思。五十多年后，隨臺灣媽祖信徒進香團到湄洲島媽祖祖廟進香攝影，尋親的林永吉（林海安之子）失足落水被湄洲姑娘楊秀湄所救。在時間飛馳的日子里，永吉秀湄他們默默地相愛了。老天造化弄人，永吉的母親無意中發現秀湄是永吉的堂妹，為怕日后悲劇發生，于是斷然阻止孩子們之間的繼續交往。痛苦欲絕的秀湄，心冷徹骨的永吉。“山窮水復疑無路，柳暗花明又一村。”秀湄的父親講述了一個藏在內心深處離奇而又讓人心動的往事。