《終極證據(jù)》講述了一名叫周強(qiáng)的男子墜樓身亡，刑偵大隊(duì)對此案展開調(diào)查，隨著案情深入，一件件讓隊(duì)長馮濤等人大感意外的線索逐一出現(xiàn)。死者周強(qiáng)竟是警方臥底，打入犯罪集團(tuán)的他死因可疑，其妻在事發(fā)之日竟然意外出現(xiàn)，而同為臥底的姜南身份相當(dāng)可疑。究竟是誰殺死了周強(qiáng)，“絕密檔案”隱藏著怎樣的秘密，關(guān)鍵證物蹤跡何在……《終極證據(jù)》將以懸念迭出的方式講述一個(gè)突發(fā)案件背后的種種疑團(tuán)。一輛裝載著七百萬元現(xiàn)金的運(yùn)鈔車被劫，警衛(wèi)被殺，劫匪逃脫。重案組組長馮濤推算出狡猾劫匪的逃跑路線，帶領(lǐng)精干警力將其截住，雙方發(fā)生槍戰(zhàn)，竭力反抗的劫匪最終被一槍擊斃，七百萬現(xiàn)金全部追回，卻被發(fā)現(xiàn)竟是假鈔。 與此同時(shí)，馮濤認(rèn)出斃命的劫匪竟是他追蹤多年的犯罪團(tuán)伙頭目林軒的得力手下。 多年前，馮濤和搭檔高海對行蹤神秘的林軒進(jìn)行數(shù)次緝拿，卻在關(guān)鍵一戰(zhàn)中被其逃脫，情同手足的搭檔高海也在槍戰(zhàn)中犧牲。面對蟄伏多年、重新露面的林軒團(tuán)伙，馮濤發(fā)誓必將其緝拿歸案。 重案組團(tuán)隊(duì)針對假鈔被劫案進(jìn)行逐步調(diào)查，發(fā)現(xiàn)這起襲警劫鈔的案件，其實(shí)是一起案中案。隨著案情進(jìn)展，林軒在幕后進(jìn)行秘密操控的銀行經(jīng)理浮出水面。但就在重案組即將抓住他的一刻，此人卻被他人所殺，林軒的蹤跡再次隱匿。 就在馮濤等人陷入調(diào)查僵局的時(shí)候，一個(gè)令人震驚的消息傳來重案組秘密安插到林軒團(tuán)伙里的臥底警察被殺，而他留給妻子的手機(jī)中所拍到的林軒照片，也依舊沒能給馮濤最直接的幫助。 馮濤帶著同伴繼續(xù)追蹤，成功將林軒所操控的販毒團(tuán)伙一網(wǎng)打盡，但謹(jǐn)慎、神秘的林軒卻依然沒有露面。 在此期間，重案組成員楊志杰對俞嵐、何幼君對韓笑在長期的工作中暗生情愫，感情日益濃烈，但對愛情的追求過程卻始終一波三折。 隨后，馮濤和重案組的同事敏銳地發(fā)現(xiàn)本市一個(gè)大型能源公司和林軒有關(guān)，但最終只是查出了林軒的“替罪羊”。經(jīng)此幾次黑白雙方的追蹤博弈，林軒的行蹤越發(fā)謹(jǐn)慎小心，也使得重案組對他的調(diào)查一度陷入停滯。 讓林軒沒有想到的是，抹殺了所有痕跡的他，卻因?yàn)樽约涸谀缓笠皇峙跫t并控制的明星指使替身演員殺人而再次露出馬腳，被重案組盯上。但就在馮濤等人通過同時(shí)發(fā)生的珠寶失竊案對幕后的林軒進(jìn)行繼續(xù)追查，受驚的林軒卻突然消失，沒有了任何的消息，為此，他甚至放棄了巨額珠寶。 面對偵破不力的困局，馮濤頗感沮喪，同伴周大可和簡芳等人竭力給他打氣，馮濤終于從困頓中走了出來。 與此同時(shí)，馮濤當(dāng)年最好的搭檔、因緝拿林軒犧牲的高海的女兒高燕，剛剛從警校畢業(yè)，主動找到馮濤，希望能進(jìn)入重案組，馮濤感慨萬千，最終將其帶到自己身邊，不遺余力地教授她各種技藝，希望她能得償父親遺愿。 韓笑因?yàn)楦哐嗟牡絹泶鬄榕d奮，頻頻主動示好，并在生活和工作上對高燕進(jìn)行無微不至的關(guān)心，但這卻讓何幼君頗為失落。與此同時(shí)，楊志杰和俞嵐關(guān)系一天天變得融洽起來。 為了替父親報(bào)仇，高燕不停地請戰(zhàn)，但馮濤卻不愿意冒險(xiǎn)，只讓她跟著周大可和簡芳等人學(xué)習(xí)經(jīng)驗(yàn)。高燕無奈，只得照辦。 另一方面，馮濤自己仍然在執(zhí)著地挖掘著林軒的蹤跡。經(jīng)過周密的調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)一些被嫌犯用所偷拍到的情色視頻要挾的富商，與林軒有關(guān)，終于，這些背后的陰謀被馮濤逐一發(fā)現(xiàn)，但那些富商卻因?yàn)閾?dān)心名譽(yù)受損，不肯出來指認(rèn)林軒和他的團(tuán)伙，就這樣，馮濤再次面臨困頓。 馮濤決心加大力度，隨后，通過有力的打擊，將林軒所控制的一個(gè)地下賣淫組織和供人吸毒的酒吧徹底摧毀。林軒由此大為震怒，決心報(bào)復(fù)馮濤和重案組。 此時(shí)，楊志杰鼓起勇氣，準(zhǔn)備向俞嵐求婚。但就在這個(gè)時(shí)候，俞嵐的表妹卻失蹤了。 就在所有人都認(rèn)為俞嵐表妹的失蹤只是單起案件的時(shí)候，馮濤卻下意識地覺得這次事件與林軒有關(guān)，但就在馮濤帶著高燕等人即將做出相應(yīng)偵破之時(shí)，俞嵐卻一意孤行，只身調(diào)查此案，被犯罪分子綁架。楊志杰記得發(fā)瘋，卻也束手無措。 最終，根據(jù)馮濤的推斷和調(diào)查，俞嵐和她的表妹都被救了出來，林軒所藏身所在的古宅也被發(fā)現(xiàn)，但狡猾的林軒卻再次逃脫。這時(shí)候，一個(gè)曾因林軒而墮落的醉漢吸引了馮濤的注意。 同時(shí)，一起普通的中學(xué)生斗毆致死的案件也讓馮濤發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，通過對有重大嫌疑中學(xué)生的調(diào)查追蹤，這名學(xué)生的父親終于被捕歸案，他，就是林軒。馮濤終于完成了自己的心愿，告慰了戰(zhàn)友高海的在天之靈。