本片以南京大屠殺這場浩劫為背景，講述了一群普通的南京民眾，一群手無寸鐵的男人和女人，在這個城市歷史上最為嚴酷寒冷的四十九日里，在不見天日的民族危亡之際，勇敢地同仇敵愾，共赴國難，互救自救，奮起抗爭的感人故事。故事發生在1937年12月，日本軍官黑巖大佐跟隨先頭部隊進入了淪陷的南京城，他接受的任務是掩埋銷洗約五萬中國士兵的尸體，但他很快就發現，死亡平民的數量遠遠超過了預期。此時，在南京圣瑪德倫教堂里，來了兩撥不速之客，以書娟為首的女學生和以玉墨為首的煙花女，讓英格瑪神父和法比感到為難，她們殊途同歸只因為一件事，逃難。接著，更多的人從四面八方逃入了教堂，其中包括青年少校戴濤，老兵李全有和新兵王浦生。他們的到來，徹底打破了教堂的平靜。 為了隱藏罪證，黑巖大佐在南京尋找最符合大規模填埋尸體的地點，而最后找到的地方，正是圣瑪德倫教堂的后院。教堂也無法保全這些女人的性命了。于是，在教堂中活著的這些男人們，勇敢地站起來，一次次拼死換來了珍貴的水、糧食、醫藥和逃生的機會，用生命保護著藏在教堂中的女人們，直至最后的犧牲。而在男人們殺身成仁之后，女人們避無可避，她們或者進行了最壯烈地抵抗，或者選擇了有尊嚴地死去。這就是在1937年四十九日里發生過的故事，一個有關浩劫的故事，一個記錄屠戮的故事，一個從來沒有被遺忘，也絕不該被遺忘的故事。